Ray Ferrier (Tom Cruise) è un operatore portuale residente in un piccolo borgo del New Jersey. Divorziato dall'ex-moglie Mary Ann (Miranda Otto), riceve i figli in custodia per il fine settimana, che la donna passerà con il nuovo fidanzato Tim (David Alan Basche). Tra i due figli, Rachel (Dakota Fanning) è disponibile, vegetariana, ecologista e sveglia, mentre Robbie (Justin Chatwin) è duro, scontroso ed inaffidabile. Vani sono gli sforzi di riconciliazione del padre con i figli: Robbie esce di casa con gli amici, mentre Rachel inizia a guardare la televisione, annoiata dalla figura paterna. Ad un tratto, i telegiornali avvisano di una strana manifestazione di fulmini globulari in Ucraina.
Ben presto anche dal retro del giardino di Ray è possibile assistere allo strano fenomeno: i fulmini iniziano ad apparire, terrorizzando gli abitanti del quartiere. Quando scompaiono, gli apparecchi elettronici, gli orologi e persino le autovetture sono inutilizzabili. Per capire meglio cosa sia successo, Ray esce da casa sua, lasciando Rachel da sola. Incontra Robbie e gli chiede di rimanere con la sorella. Uscito di casa, Ray incontra il suo amico meccanico Manny (Lenny Venito) che ritiene l'improvviso guasto delle auto sia colpa di un'eruzione solare: le auto della sua officina necessitano tutte - infatti - del cambio del solenoide.
Mentre continua a cercare di capire cosa sia successo, Ray incontra due suoi amici un po' schizzati, Vincent (Rick Gonzalez) e Julio (Yul Vazquez) che iniziano ad ipotizzare, fantasticando, cosa possa essere successo. D'un tratto Ray ed i suoi amici s'imbattono in un corteo di persone radunato attorno ad una chiesa. La curiosità iniziale si tramuta in paura quando dal sottosuolo provengono prima degli strani rumori e poi fuoriesce un gigantesco "tripode".
Il velivolo inizia ad emettere strani suoni simili a corni di battaglia e, poco dopo, a disintegrare i cittadini ignari che stanziano sotto di esso, tramite un raggio laser. Ray inizia a scappare e riesce ad arrivare a casa sua, dove, guardandosi allo specchio scopre di essere completamente sporco di cenere di altri uomini. Inizialmente scioccato, Ray capisce di dover scappare, dunque ordina ai suoi figli di prendere quanta più roba da mangiare si possa e di preparare delle valigie in fretta e furia.
Purtroppo per lui sarà impossibile utilizzare le automobili per scappare, in quanto la tempesta magnetica precedente all'attacco le ha rese inutilizzabili. Si reca allora dal suo amico meccanico, che è riuscito a riparare l'auto con il solenoide fuori uso. Ruba a questi l'auto e riesce a scappare con i figli, in preda al panico.
Poco dopo tutta la borgata viene attaccata dai tripodi: Ray riesce a fuggire e promette ai ragazzi di raggiungere la residenza della madre, fuori città. Il trio giunge lì la sera, constatando che invece non v'è nessuno. I ragazzi pensano subito al peggio, mentre Ray li rassicura affermando che si trovano sicuramente dalla madre di Mary Ann, a Boston, in Massachusetts.
Ray, Rachel e Robbie si addormentano nel seminterrato della casa, per paura di Ray che i tripodi possano tornare anche lì. Durante la nottata, i tripodi escono dal sottosuolo: padre e figli si rifugiano nella caldaia e riescono a sopravvivere. La mattina dopo, Ray esce di buon'ora a controllare come sia la situazione all'esterno: dinanzi a lui si staglia un paesaggio post-apocalittico.
I rotori di un aereo sono caduti nel giardino della dimora, poco oltre c'è la carcassa di questo: all'interno un uomo sordo che cerca disperatamente qualcosa da mangiare e da bere. Tra questi sopravissuti Ray trova una giornalista, che entusiasta gli mostra il suo servizio alcuni filmati sui tripodi. In uno di questi è chiaramente visibile un fulmine che va a finire nel sottosuolo, come era accaduto il pomeriggio precedente a casa sua. Mettendo l'immagine al rallentatore, si scopre che quel fulmine altro non è che il mezzo di trasporto degli alieni che guidano i tripodi.
Ray capisce che la situazione è critica e che lui ed i suoi figli si devono affrettare a raggiungere Boston. Sulla strada per la città scopriranno gli orrori che la guerra sta portando: un battaglione di soldati destinato alla morte, un gruppo di cadaveri che galleggia su un fiume e altro ancora. Sulla strada, il trio incappa nel fiume Hudson e saranno costretti a raggiungere l'altra sponda tramite un traghetto.
Al molo, l'auto di Ray farà gola a molte persone: alcune ne hanno realmente bisogno perché portano anche dei bambini, altre rispondono solo al loro egoismo e dunque la vogliono prendere per questo. Si scatena un "homo homini lupus" durante il quale Ray ricorrerà a metodi estremi pur di salvare sé stesso e la sua famiglia.
Spara dei colpi di pistola in aria, recupera sua figlia, ancora intrappolata in auto e cede la vettura ad un sinistro uomo d'affari munito d'arma. Durante l'attesa del traghetto, vedono l'auto contesa da un altro gruppo di uomini: questa volta la rissa